2월 15일기점에서 구제역으로 소 15만두, 돼지 314만두, AI로 조류 545만수가 11개 광역시에 4429개소에 매몰처분되었다. 초동대책이 미흡하여 화를 키워 소 잃고 외양간 고치는 것이 안타깝지만 단기적으로는 이 시점에서 일어날 수 있는 모든 사태를 예견하여 문제를 최소화할 수 있는 조치가 필요하며, 장기적으로 또다시 이러한 사태를 미연에 방지, 일어나더라도 확산을 억제하면서 합리적인 살처분, 2차환경문제가 없는 처리가 이루어 져야 한다.
 
현재의 가축매몰처리는 가축전염병 예방법 시행규칙의 별표5에 근거한 매몰기준에 의하여 실시되었으며, 이 매몰기준은 간이처리개념으로 설계되어 목적으로 하는 전염병의 확산 예방, 위생적인 처리라는 개념하에서는 많은 문제점을 가지고 있다.
 
매몰기준에서 매몰지는 하부면을 2%이상의 경사를 두고, 바닥면을 다지고 0.1mm이상의 비닐을 2겹 깔고, 하부에 침출수 유공관과 상부에 가스배기관을 설치하여 침출수의 지하로의 유출을 방지하고 유공관을 통하여 침출수를 배제하도록 하고 있다. 동물사체의 70%가 수분이라는 가정하에서 90kg의 돼지 2,000두를 매몰할 때에 126톤의 침출수 발생이 있어야 하나,  실제 매몰지에서 저류조에 흘려나오는 침출수는 10%수준에도 미치지 못하는 곳이 대부분이며, 대부분의 침출수는 지하에 스며들고 있는 것으로 예측된다.  또한 지금까지의 가축 매몰작업은 감염을 방지하기 위한 신속한 설처분이 우선되고, 살처분에 참여하는 작업자의 전문성, 교육 등의 미비로 문제가 더욱더 가중되었다.
 
현재는 단지 물리적인 압착에 의하여 침출수가 발생하나, 내부의 온도가 올라가면 분해가 왕성하게 진행되어 고농도의 침출수, 고강도의 악취가 발생되어 환경적으로 더욱더 좋지 않은 상황으로 진행될 것이다.
 
약 5000개소의 매몰지에 대한 체계적 관리를 위하여 GIS정보체계에 의한 모니터링 시스템을 정비하고, 최초 6개월까지 일일점검, 2년까지는 주간점검, 5년까지는 월간 점검이 이루어져야 한다.  매몰지 주변지역의  생활환경에 대한 영향을 지속적으로 모니터링하면서 주변 지하수 및 마을 상수도에 대한 대책, 체액 등의 유출, 악취, 파리 등의 위생 해충에 대한 방제,  병원성균의 2차감염 방지 등의 대책이 수립되어야 한다.
 
단기적으로는 우선 지하수 오염방지를 위한 정밀조사 및 영향 예측이 이루어 져야하며, 영향예측정도에 따라 아주 오염이 심한 곳은 이설(파내어 이송매몰), 오염의 차단이 가능한 곳은 차수벽을 설치하여 확산방지, 오염의 우려가 있는 곳은 침출수의 강제배제에 의한 외부처리, 영향이 없는 곳에 대해서는 존치안정화 등의 대책이 필요하다. 당장은 내부 침출수를 강제라도 밖으로 뽑아내어 바이러스의 불활성정도, 병원균의 존재여부를 판단하여 멸균 등의 간이처리 후에 폐수처리시설, 분뇨처리시설 등과 연계처리되어야 한다.
 
또한 우려되는 사항이 비가내리면 유기물이 분해되고 침출수가 배제되어 지표면이 침하, 빗물이 고이고, 매몰지에 스며들어 침출수의 발생이 많아져, 지하수 오염이 가속된다. 이를 방지하기 위해서는 초기 매몰지 정비단계 혹은 침하가 이루어지는 경우에 수시로 지표면보다 높게 복토를 하고, 비닐이 아닌 차수시트를 깔고, 우수를 배제할 수 있도록 해야 한다. 이러한 시설이 이루어지면 부수적으로 악취방지가 가능하며, 악취는 가스배제관으로만 나오게 하여, 필요시 연소까지도 검토가 필요하다.
 
환경적으로 건전한 살처분을 위해서는 지금까지 경험한 시행착오를 종합하여 중장기적으로 다시는 이러한 상황이 일어나지 않도록 법 및 제도 등의 정비가 이루어져야 한다.
 
먼저 살처분방식에 대한 검토가 필요하며, 대부분의  지역에서 생매장이 이루어져 종교계 등에서 살처분방식의 개선을 요구하고 있다. 일본에서는 동물 생태 및 습성을 이해하고 모든 생명을 존중한다는 생명존중사상에 의거하여 살처분방식에 대하여 많은 검토가 진행되어, 소에 대해서는 신경주사, 돼지에 대해서는 전기쇼크, 조류에 대해서는 이산화탄소 등을 이용하고 있다. 이러한 살처분방식에 대한 방법을 새롭게 정비해야 한다.
 
금번 구제역에 있어서 초동대책의 실패는 분뇨 운반차에 의한 감염확산을 예측하지 못한 것이며, 구제역으로 감염되어진 축사내의 가축배설물, 슬러리, 오수, 사료, 조사료, 부재료 등에 대하여 통제하고, 이들을 멸균처리하는 방안에 대한 기준의 제정이 필요하다.
 
또한 현재 매몰처리기준에 있어서 문제점을 최소화할 수 있도록 수정보완하고, 메몰처리 외에 처리방법을 다양화하는 방안으로서 지자체 및 국가가 관리하고 있는 위생매립장을 이용하는 방안, 랜더링(고온압착 등의 전처리에 의한 동식물성 유지 및 사료생산) 방법을 적극 활용하는 방안, 전처리 후에 연소하는 방안 등에 대한 검토가 요구된다. 다양한 방법을 사체처리방법으로 이용하되, 전제가 되어야 할 것은 감염의 확산을 방지하기 위한 조치가 선행되어야 하며, 장거리 이동이 불가피할 경우에는 밀폐형 컨테이너를 이용하고, 사체를 밀폐형시트에 넣어서 운반하는 방법 등이 부수적으로 검토되어야 한다.
 
장기적으로는 매몰지가 안정화될 때 까지 농지로서의 이용 가능성에 대한 검토가 요구되며, ① 주변 농지에 대한 병해충 방제의 관점에서 환경 정비가 필요하고, 지속적인 복토 등 표층 다짐작업 실시, ② 농지로서 활용할 수 없는 토지에 대한 제세 등의 경비 탕감, ③ 필요시에는 요구가 있을 시에 농지를 매입, ④ 이물질의 제거나 객토 등, 농지로서 복원 이용할 수 있는 재생 정비가 필요, ⑤ 가축이 파묻혀 있다는 혐오감부터 토지 평가액(매매 차손)의 보상이 필요함으로 이에 대한 선제적인 대응조치 마련이 필요하다.
 
또한 국가는 축산업 진흥을 위한 중장기적인 대책 수립, 현행의 PCR 검사에 더하여 현장용의 간단한 키트의 실용화, 매몰방식의 대체안로서 이동식 렌더링 및 전처리+소각 실용화, 지자체가 보유하고 있는 매립장을 이용한 매몰처분, 상수도 보호구역 및 특별대책지역 내에 축사 등의 설치 제한 등에 대한 체계적인 연구가 이루어져 개선방안이 마련해야 한다..
 
대만은 97년 돼지구제역으로 15년이 경과되었지만, 아직 축산업이 재건되지 않고, 단기적으로는 7조, 축산업에 대한 영향까지는 40조가 소요되었다. 관련 대책을 조기에 실시하여 문제를 최소화하는 조치가 요구되며, 필요시에 예산을 조기에 투입하여 사후약방문이 되지 않도록 해야 한다.