세계수준의 연구중심대학 육성사업(WCU) 선정의 주요 변수가 될 연구실적은 최근 3년간 과학인용색인(SCI) 및 스코퍼스(SCOPUS)급 상위 5% 저널을 대상으로 한다. 논문 실적은 사업 신청 마감일을 기준으로 SCI·SCOPUS 급 상위 5% 논문이 중복될 경우에는 실적은 1건만 인정하며 피인용 회수는 평균 회수를 반영한다. 

교육과학기술부가 공개한 연구실적 세부 평가지표(안)을 보면, 학문 분야별로 참여 교수 1인당 논문 실적은 단독연구는 1건으로 인정하며, 공동연구 실적은 주저자(0.9건), 교신저자(0.7건), 기타 공동저자(1/n건)를 산출해 반영한다.

점수는 국내외 참여교수의 논문게재 실적 총합을 참여교수의 수로 나누며, 점수환산은 6점척도로 등급간 간격은 동일분야·동일과제별 평균과 표준편차 차이를 반영해 배정할 예정이다.

참여교수 1인당 피인용 회수와 논문 1건당 피인용회수는 단독연구는 100%를 인정하며, 공동연구 논문는 △주저자 90% △교신저자 70% △기타 공동저자 (1/n×100)%를 산출한다.

예를 들어 2006년 사이언스지에 5인이 공동으로 논문이 등재된 경우 참여교수 1인당 논문 게재수는 △주저자 0.9건 △교신저자 0.7건 △기타 3명의 공동저자 0.2건으로 인정한다.  피인용회수가 10일 경우 1인당 주저자는 9, 교신저자 7, 기타 3명의 공동저자 2를 받는다.

또 최근 3년간 SCI·SCOPUS급 저널의 편집위원으로 활동한 경력을 평가하는데, 15일 이상 활동한 경우 1개월로 인정한다.

1인당 연구비 수주 실적(인문사회 분야 제외)는 최근 3년간 국내외 참여자가 정부·민간·외국 등에서 지원받은 연구비 가운데 산학협력단 등 대학의 공식적인 절차를 거친 연구비만 인정한다. 해외학자는 별도로 입증 자료를 제출해야 한다.