이들 대학들은 교육부가 대학에게 요구하는 구조개혁이 실질적으로는 일부 대형대학들만 가능하게 돼있어 대학의 현실과 규모에 관계없이 천편일률적인 교육부의 사업기준은 결국 중소규모의 대학들을 들러리로 전락시킬 수 있다는 깊은 우려를 나타냈다.

정헌석 성신여대 기획처장은 이번 구조개혁지원사업과 관련 "신청요건이 대형대학들만 참여할 수밖에 없게 해놨다"며 이번 사업의 구도 자체에 부정적인 의견을 피력했다.

정 처장은 “군소대학들은 입학정원의 감축보다는 교육부의 교원확보율을 맞추는 것에 비중을 두고 있다”며 “이번 지원사업 신청결과에서도 알 수 있듯이 교육부가 정책을 수립할 때 대형대학의 눈치를 먼저 보고 있다”고 일침을 가했다.

백웅기 상명대 기획처장도 “장기적으로는 (정원감축을)해야 한다고 생각하지만 대학종합평가, 교수확보 등 현안이 있어 당장 줄이기엔 내부적으로 어려움이 있다”며 사업 신청 기준에 강한 불만을 드러냈다.

예종홍 국민대 기획홍보처장은 “일부 대형대학들은 국내 학생들의 등록금 수입 외에도 정원 외로 선발하는 외국인 학생들의 등록금과 각종 지원금, 발전기금 등으로 재정을 충분히 보존할 수 있다”며 “등록금 수입의 감소가 바로 재정의 감소로 이어지는 군소대학의 경우 입학정원을 줄이기는 실질적으로 어려운 상황”이라고 토로했다.

예 처장은 또“교육부가 대학의 입학정원 감축을 원한다면 이를 강제하고 그에 상응하는 인센티브를 줘야 할 것”이라고 덧붙였다.

최기헌 덕성여대 기획처장은 “90년대 초반 야간학과를 주간으로 변경하는 방법으로 정원을 늘렸던 학교가 있는가 하면 야간학과를 폐지함으로써 구조조정을 한 대학도 있다”며 “이 같은 경우 더 이상의 정원감축은 어려운 상황”이라고 말하기도 했다.

최 처장은 “중소규모의 대학을 살리기 위해 보다 세분화된 선정기준으로 사업을 진행해야 할 것”이라며 “정량적인 기준도 중요하지만 정성적인 부분도 무시해서는 안된다”고 주장했다.