최우수 임상교수는 진료실적, 새로운 치료법 및 진단법 개발, 논문 발표실적, 조기진료 등 병원정책 준수도, 병원 위상제고, 의료분쟁 발생건수 등을 종합 평가하여 수상자를 결정한다.
최우수 임상교수상에게는 부상으로 4백만원이, 공로상에는 2백만원이 각각 전달됐다.