손 총장은 정부가 이른바 '3불정책'의 하나로 꼽고 있는 기부입학제 허용을 촉구했다.

그는 "정원의 3% 범위에서 기부입학을 허용할 경우, 이들이 일반 정원을 침해하지 않는다. 이렇게 확보한 돈을 가정형편이 어려운 학생들에게 장학금으로 줄 수 있고, 학교 시설 개축에 사용할 수 있어 학생들에게도 (기부입학제가) 도움이 된다"며 기부입학제의 긍정론을 주창했다.

손 총장은 "기부입학제로 들어온 학생들도 학내에서 똑같이 경쟁을 통하게 된다"며 "(기부입학자도) 실력이 없으면 졸업할 수 없는 상황이라 학교수업과 관련한 문제점도 일어나지 않는다"고 말했다.

그는 대학재정확충과 관련한 기업의 기부금 손금 인정범위도 늘려야 한다고 강조했다. 오는 2008년말까지 한시적으로 소득금액의 75%까지 손비인정키로 한 기업의 기부금 손비 인정 범위를 계속해 확대해야 한다는 주장이다.

손 총장은 "우리 정부의 교육투자 비용은 많지만 대부분이 중고등학교 인건비에 집중되고 있다"며 정부의 열악한 고등교육예산 확충을 요구했다. OECD국가의 고등교육지원예산평균이 1.2%인데 반해 우리 정부의 고등교육예산비중은 0.3%에 그치고 있는 점을 꼬집은 것이다.