후발 국립대들은 "교육ㆍ연구ㆍ봉사의 기능을 담당하고 있는 대학을 이분법적으로 연구중심대와 교육중심대로 나눈다는 것은 어패가 있다"며 "일반 종합대는 연구중심대, 연구/교육중심대,교육/연구중심대 등으로 나누는 것이 바람직하다"고 국립대 기능분화에 대한 의견을 제시했다.

책임운영기관화 추진에 대해서는 "대학의 발전은 장기적인 것이 많은데 총장을 공모제를 통해 임명, 계약하고 임기동안의 실적위주로 평가한다는 것은 문제가 있다"면서 "총장공모제는 대학의 자율성과 사기저하, 행정의 비정상 운영 등 자칫 교육의 황폐화를 초래할 수도 있다"며 총장공모제에 대한 반대의 입장을 명확히 밝혔다.

후발 국립대들은 또한 국립대 재정지원 감축으로 우려되고 있는 특별회계제 도입은 국가의 안정적인 재정지원이 보장된 상태에서 실시돼야 한다고 주장했다.

지역민ㆍ동문ㆍ학부모 등이 대거 참여하는 대학평의원회는 "지역적 경쟁심리를 부추길 가능 성이 높기 때문에 의결기관보다는 자문위원회로 설치하는 것이 좋을 것 같다"며 "만약 평의 회를 구성한다면 참여인원의 비율 조정이 반드시 이뤄져야 할 것"이라고밝혔다.