이 총장은 서두에서 "대학간 차등지원과 응용학문 육성에 치우친 +'두뇌한국(BK) 21 사업'은 현행 학부제와 맞물리면서 기초학문의 장래를 매우 어둡게 만들고 있다"며 "이는 '경쟁' 자체를 학문적 ·인격적 가치로 보지 않고 상업적 편의주의로만 이해하려는 위험성을 내포한 것"이라고 지적했 다.

특히 이 총장은 "응용학문의 발전은 경쟁력 없는 기초학문의 축적을 바탕으로 이뤄져 왔다는 것 이 역사적 경험에서 얻을 수 있는 교훈"이라고 강조하며 "인문·사회·자연과학의 기초연구 역량

이 빈곤한 상태에서 실용적 응용학문을 발달시켜 부국강병을 이룬 사례는 세계적으로 그 유례를찾을 수 없다는 점을 직시해야 한다"고 말했다.

이어 그는 기초학문과 응용학문의 조화를 통해서만 국제경쟁력 강화를 도모할 수 있다고 결론 내 리면서 그를 위한 방안 5가지를 다음과 같이 제안했다.

△첫째, 국·공립대는 장기적 연구기반 조성이 필요한 기초학문 연구와 인력양성을 담당하도록

특화해야 한다. 이를 위해 우선적으로 서울대의 응용학문 분야를 타대학에 이관하는 정부의 결단 이 필요하다.

△둘째, 기업과 연계되는 응용학문의 연구와 교육은 여러 사립대가 나누어 맡게 하는 것이 바람 직하다.

△셋째, 예·체능계의 경우 대학에서 분리, '전문교육기관'으로 특화시켜 육성토록 해야 한다.

△넷째, 사범계 학과 및 단과대는 일반 학부와 통합해 운영토록 하고 교원자격 취득 요건만 국가에서 규정토록 해야 한다.

△마지막으로 국·공립대부터 연구소를 내실화해야 한다. 각 대학 연구소에 정교수를 전임으로 배치하고 연구소장이 인사·재정권을 행사할 수 있도록 권한을 부여해야 한다.