한국교총, 전교조 등 교육관련 단체에서는 서울대 총장 재직당시 이 부총리의 사외이사 겸직, 연구비 미신고, 판공비 과다지출 문제 등을 거론하며 곱지않은 시선을 보내고 있는 것.

교육계에서는 수능부정 파문 등 급격히 하락한 교육계의 신뢰회복과 사립학교법 등을 둘러싸고 커져만 가는 교육 현안을 풀어나가는데 이 부총리가 적합한 인물인지 찬반이 팽팽하게 엇갈리고 있다.

또 이 부총리는 2002년 4월 신변문제로 촉발된 학내·외의 사퇴압력으로 임기 전 중도하차하는 불명예를 남기기도 해 취임을 앞두고 적지않은 부담을 안게됐다.

서울대 총장 재직 당시 사외이사 겸직으로 시작된 도덕성 논란은 연구비 미신고 문제와 판공비 과다지출 물의로 이어졌고, 이 과정에서 총학생회가 총장퇴진을 요구하며 총장실을 점거하는 사태가 빚어지기도 했다.

이 신임 부총리는 총장 재직 당시 잦은 외국방문으로 인한 판공비 과다 지출이 도마 위에 올랐고, 큰 아들의 병역 단축 의혹이 불거지기도 했다.

결국 교수협의회 등 서울대 교수사회에서 총장퇴진을 요구했고, 결국 조기퇴진이라는 불명예를 안게 되었던 것.

하지만 일부에서는 신임 부총리가 지난 98년 11월 총장에 선출된 후 '대학과 사회의 어른'으로 자리잡은 기존의 서울대 총장 이미지에서 탈피, CEO적인 총장의 이미지를 강조하며 개혁을 주도적으로 이끌어왔다는 점을 높이 평가하고 있다.