교수노조는 "교수노조가 합법적인 노동조합으로 활동하려고 하는 것은 암울한 한국의 교육현실을 근본적으로 바꾸기 위한 것"이라며, "교육과 연구의 주체인 교수들의 신분보장이 약화되는 상황에서 대학의 경쟁력을 말한다는 것은 어불성설"이라고 노동부의 교수노조 설립신고서 반려를 강력히 비판했다.

교수노조는 "많은 사학들이 구조개혁을 빌미로 교수들의 신분이 위협받고 있지만 교수들의 교권과 노동권을 지켜줄 법정조직이 없다"면서, "국공립대 교수들 역시 법인화와 관련해 의사를 합리적으로 반영할 수 있는 구조적 틀이 없다"고 지적했다.

또, "교수노동조합은 미국,영국, 일본, 프랑스, 독일 등 대부분의 문명국에서 합법성을 인정받고 있다"면서 "대학교수들의 교권과 노동권 보장이 참다운 학문연구가 가능해진다는 사실을 이들 국가의 예에서 확인할 수 있다"고 주장했다.

교수노조는 노동조합설립신고서 반려와 관련, 교수노조의 합법화를 위해 꾸준히 노력할 것이라고 밝히면서, "관계부서인 노동부와 교육인적자원부가 대학노동시장의 구조와 교수노조의 문제에 관해 균형 잡힌 시각으로 바라볼 것"을 당부했다.