교수노조는 "천 장관의 지휘권 사용은 정당한 것이며 검찰의 정치적 중립성이란 대통령이 정당한 지휘마저 할 수 없다는 것을 의미하는 것은 결코 아니다"라며, "대통령이 국가보안법 철폐의사가 있는데도 검찰이 국가보안법을 확대 적용하려는 것은 국민들 위에 초법적으로 군림하려는 것"이라며 검찰의 태도를 비판했다.

또, "학자의 양심에 따른 학문연구와 학술행위는 헌법에 보장된 권리"라며, "불구속이라도 강정국 교수에 대한 수사 자체에는 반대한다"고 강 교수에 대한 수사 반대 입장은 분명히 했다.

교수노조는 이번 사건과 관련, 그동안 논란이 되어 온 국가보안법에 대해 "폐지 내지 민주적 개정안을 국회에 상정, 표결처리해야 한다"며, "국가보안법의 개폐안의 처리가 복잡한 정국의 돌파구이며 국민 신뢰를 회복하는 계기"라고 주장했다.