서울대가 국회 교육위 소속 박창달 의원(한나라)에게 제출한 국감자료에 따르면 2000년 당시 발전기금이사장을 겸직한 이기준 총장에게 총장업무추진비로 2억2천여만원, 발전기금이사장 업무추진비로 1억4천여만원 등 총장 한사람에게만 총 3억6천여만원의 업무추진비를 지급했다.

또 2001년도에 편성한 예산 6백70억원 가운데 4백9억여만원(61%)만 지출, 예산이 주먹구구식인 것으로 드러났다.

이와 함께 발전기금 가운데 인건비는 1999년 9천여만원에서 2001년 2억1천여만원으로 2년만에 232% 늘어났으나 본래 목적인 연구비, 학술활동보조비, 장학사업 등 목적사업비는 2백19억원(99년), 3백80억원(2000년), 1백99억원(2001년)으로 들쭉날쭉했다.