윤 부총리는 이날 오후 기자회견에서 “지난 4일 대통령에게 NEIS와 수능, CD 문제 등으로 국민들한테 불편을 끼친 점에 대해 누군가 책임을 져야겠다고 판단해 물러나겠다고 사의를 표명했다”며 “참여정부 로드맵과 사교육비 경감대책 등이 골격이 잡혀 내가 할 일은 다하지 않았느냐는 생각에 오늘 오전 노무현 대통령에게 사표를 제출했다”고 말했다.

향후 거취와 관련, 윤 부총리는 “대통령과 열린우리당이 도와달라고 했고, 대구지역 시민단체 등이 개혁그룹의 수장 노릇을 해달라고 강권하고 있으나 대통령에게도 ‘소질이 없다’고 답했다”며 “사표가 수리되면 대구에 내려가서 거취 문제를 의논하겠다”고 밝혔다.

윤 부총리는 “지난 3월부터 NEIS 문제로 교육계가 분열되고, 한나라당이 해임결의안을 냈을때 그만둬야겠다는 생각을 했으나 현안 문제를 남겨둔 채 떠난다는 것은 무책임하다고 판단했다”며 “첫 교육수장으로 현안 문제는 대개 정리된 만큼 할 일을 다했다고 생각한다”고 강조했다.

그는 이어 “언론이 업무 추진력 및 조직 장악력 면에서 항상 ‘꼴찌’라고 평가했지만 과거 권위주의식 리더십은 시대에 걸맞지 않는다고 생각해 토론과 타협, 의견수렴 등으로 업무를 추진했는데, 언론에는 우유부단하게 비쳐졌다”며 언론에 대한 섭섭함을 표시했다.

그는 “지방대 육성과 대학 경쟁력 강화프로그램, 사교육비 경감 대책, 로드맵 등 소리소문없이 정책을 많이 완성했다”며 “특히 사학정책의 경우 부실사학에 대해서는 추호의 양보나 타협없이 감사를 실시했고, 앞으로 상지대 등 4~5개 대학은 정상화로 갈 것”이라고 강조했다.

그는 “부실 사학 문제는 사립대에 미치는 영향이 큰 만큼 이 문제를 해결하고 나갈 것”이라고 덧붙였다.

한편 윤 부총리가 사표를 냄에 따라 수리될 경우 후임으로 범국민정치개혁협의회 위원장인 박세일 서울대 국제지역원 교수, 전성은 교육혁신위원회 위원장, 안병영 연세대 교수(전 교육부 장관), 김신복 서울대 행정대학원 교수(전 교육부 차관), 이현청 대교협 사무총장 등의 이름이 거론되고 있다.