서정돈 성균관대 총장은 최근 일본 나가사키대와 학생교류협정을 체결했다. 이 협정에 따라 두 대학은 해마다 교환 장학생 2명을 선발·파견하며 서로 학점을 인정해 준다. 나가사키대는 1857년 건립된 일본의 가장 전통 있는 대학 중 하나로 리서치분야 연구가 뛰어나다는 평가를 받고 있다. 현재 3백명 이상의 외국학생들이 재학하고 있다.