특정대학에 편중되거나 나눠먹기식으로 정부 재정지원이 이뤄졌다는 지적에 대해서는 “각 분야 전문가들의 평가에 의해 지원금을 배분하고 있다”면서 “2단계 BK21 사업에서는 전문컨설팅단을 운영해 실적이 미흡한 사업단은 신규 사업단으로 교체하겠다”고 밝혔다.

서울대 입시 의혹 제기와 관련, 김 부총리는 “서울대에 경위서 제출을 요청할 것”이라며 “서울대의 답변서를 토대로 (특별감사 여부를) 판단하겠다”고 답변했다.

서울대측은 지난 22일 “기본적인 개념을 다루는 문제이기 때문에 비슷한 문제가 나올 수 있다”며 베끼기 의혹을 일축했다.

김 부총리는 이어 “사학운영에 개방형 이사제 도입이 필요하다”며 “사학법 개정안이 만들어지면 정관규칙 폐지에 따른 보완책을 마련해 철저히 감독해 나가겠다”고 말했다.

논란이 되고 있는 국립대 법인화의 경우 “대학 관계자와 전문가들로 협의회를 구성, 다양한 지배구조 방안을 모색하고 있다”고 밝혔다.

또 이월적립금을 많이 누적한 사학에는 해명자료를 제출하도록 해 경위를 파악하겠다고 답했으며, 장기간 임시이사 체제로 운영되고 있는 대학들의 실태를 점검해 개선책을 마련중이라고 밝혔다.

김 부총리는 “2008학년도 입시에서 학생부 신뢰도를 높이는 것을 전제로, 학생부가 가장 큰 반영비율을 차지하도록 추진하겠다”고 말했다.