고유목적사업준비금의 설정방법은 결산조정과 신고조정의 두가지 방법이 있다. 고유목적사업준비금은 원칙적으로 결산서에 비용으로 계상한 경우에 한해 손금에 산입되는 것이나, 외부회계감사를 받는 비영리내국법인의 경우에는 신고조정에 의해 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수도 있다.

결산조정의 경우 결산분개로

(차) 고유목적사업준비금전입액 xxx (대) 고유목적사업준비금 xxx

으로 회계처리해 회계장부상에 고유목적사업준비금전입액은 운영계산서에, 고유목적사업준비금은 고정부채에 계상된다.

신고조정의 경우에는 운영차익이 발생되며, 동 운영차익은 운영차익처분계산서에 의해 고유목적사업준비금으로 처분해야 하며, 이는 다음 회계연도에 반영된다. 즉, 2004회계연도 당기운영차익이 1,000원이 발생되어 이중 800원을 고유목적사업준비금으로 처분할 경우 2004회계연도 대차대조표의 운영차익은 1,000원이되며, 2004년도 결산(안)이 의결된 직후에

(차) 전기이월운영차익 800 (대) 고유목적사업준비금 800

의 회계처리에 의해 대차대조표의 전기이월운영차익은 200원이 남고, 고유목적사업준비금 800원이 계상된다. 신고조정에 의한 고유목적사업준비금은 고정부채가 아닌 운영차익항목에 계상해야 한다.

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