교육인적자원부 산하에 설치된 재단은 최근 문제가 된 중국의 한국 고대사 왜곡과 일본의 독도 영유권 주장, 역사 교과서 왜곡문제 등에 체계적으로 대처하면서 장기적으로는 동북아 역사문제에 대한 종합적이며 체계적인 연구를 수행한다.

재단은 단순히 연구 업무만 수행하는 일반 연구기관과는 달리 연구에 따른 전략도 수립하고 정부 정책결정기구와 연계해 바른 역사 정립을 위한 통합 조정기구의 기능도 담당하는 것이 특징이다.

교육부는 26일 상근 이사로 유광석 바른역사정립기획단 부단장, 비상근 이사로 김형국 중앙대 국제관계학과 교수, 안병우 아시아평화와 역사교육연대 공동운영위원장, 안병준 한국개발연구원 국제정책대학원 초빙교수 등 이사 9명을 임명하면서 재단의 인선 작업을 대부분 마무리했다.

감사는 김희수 전북대 법대 교수가 맡았고 관계부처 차관 등 10명은 당연직 이사로 참여한다.

동북아역사재단은 지난해 9월 국회에 설립 근거법안이 제출됐지만 사립학교법을 둘러싼 여야 대치로 법안이 올 5월에야 국회를 통과함에 따라 출범이 당초 예상보다 늦어졌다.

재단이 출범함에 따라 중국의 동북공정(東北工程)에 대응하는 정부 출연 연구기관으로 2004년 3월 발족한 고구려연구재단은 동북아역사재단에 흡수되는 형태로 간판을 내렸다.