교육부는 그러나, '의학전문대학원으로 전환하지 않으면 로스쿨 승인 불가 등의 압박을 가해왔다’는 서울대 의대 주장과 관련, “전환을 적극 권유했을 뿐, 압력을 행사하지 않았다”고 해명했다.

서남수 교육부 차관보는 13일 기자브리핑에서 “로스쿨은 사법제도개혁추진위원회가 현재 정원과 인가 기준 등을 논의중으로 인가 여부를 거론할 단계가 아니다”면서 “서울대가 밝힌 것처럼 의학전문대학원으로 전환하지 않으면 로스쿨을 인가해주지 않겠다고 한 적은 없다”고 밝혔다.

서 차관보는 그러나 “연구중심대학으로 발전하려면 대학 전체의 시스템이 연관돼야지, 어떤 분야는 학부로 남고, 또다른 분야는 전문대학원으로 전환하는 것은 모순적”이라며 “서울대도 전문대학원 체제로 전환하는 것이 바람직하다는 게 교육부의 공식 입장"이라고 설명했다.

서 차관보는 “2단계 BK21 사업 선정때 의학전문대학원 전환여부를 평가기준에 반영할 방침”이라며 “로스쿨도 인가 기준을 정할 때 다른 분야 전문대학원 전환여부를 반영해야 하는 게 아니냐는 문제제기가 있었던 것은 사실”이라고 밝혀 로스쿨 연계 가능성을 부인하지 않았다.

그러면서도 서 차관보는 “특별법을 만들어 기준을 제시하는 로스쿨과는 달리 의학전문대학원은 교육부가 이래라 저래라 강요할 상황이 아니다”면서 “대학본부가 소속 단과대와 대학 전체의 의견을 모아 정할 문제”라고 말했다.

또 서울대 의대의 학사 편입학과 관련, 서 차관보는 "1단계 BK21 사업 추진때 서울대가 의학전문대학원으로 전환하기로 합의, 그전까지 학사 편입을 허용한 것"이라며 “의학전문대학원 체제가 출범했음에도 (서울대가) 전환을 하지 않고 편입생을 모집하는 것은 편법 선발에 해당한다”고 지적했다.

한편 서울대 의대는 최근 열린 교수회의에서 의학전문대학원 전환을 놓고 찬반 투표를 벌인 결과 반대 입장을 결정했다.