비영리법인 회계는 다음과 같은 점에서 영리법인과 다른 몇가지 특징이 있다.

비영리회계는 우선 현금주의(現金主義)를 선호한다.

일반적으로 단식부기(單式簿記)는 현금주의를, 복식부기(複式簿記)는 발생주의(發生主義)를 택하고 있다. 원래 단식부기는 자금의 수입과 지출만 파악하기 때문에 채권 채무 등 재산 관리가 되지 않아 내부통제가 어렵다는 약점을 지닌다.

이같은 취약성에도 불구하고 비영리기관에서는 여전히 현금주의를 실무적으로 많이 사용하고 있다.

비영리기관도 발생주의에 근거한 기간이익 측정이 필요하다. 하지만 영리법인 만큼 기간이익 측정을 중요시 여기지는 않는다. 대다수 비영리법인이 토지 건물 등의 감가상각을 반영하지 않는 것도 이런 이유에서다.

다만 비영리기관도 조직 규모가 커지면 효율적 재산 관리를 위해 복식부기를 도입하기도 한다.

비영리법인은 예산 제도를 보다 엄격하게 적용하고 있다. 일반 회사에서도 이익 달성을 위한 일환으로 예산 제도를 사용하고 있다. 하지만 일반 회사와 비영리법인의 예산은 큰 차이를 보인다.

영리기업의 예산 개념이 상대적으로 보다 포괄적인 개념을 담고 있다. '광고 예산이 부족하다'라고 말할 때, 예산은 통제의 개념으로 사용되면서 비영리회계에서 사용하는 것과 비슷한 개념으로 활용된다.

하지만 '매출 예산이 어렵다’에서는 목표 달성의 정도를 표현한다. 비영리기관의 일반적 예산 개념과 다른 뜻으로 사용된 것이다.

비영리법인은 특히 예산서를 의무적으로 반드시 작성해야 한다. 비영리기관의 예산서 작성은 법적으로 강제된 요건이다. 이 점에서 영리법인과 근본적 차이를 보인다.

대다수 일반 기업들은 예산서를 의무적으로 반드시 작성하지는 않는다. 비영리법인은 이사회나 총회 또는 어떤 경우 관할관청으로부터 예산서를 승인받지 않으면 당해 회계연도의 예산 자체가 성립하지 못한다. 비영리법인의 재무보고서 중 가장 중요한 것 중 하나가 바로 '예산서'가 되는 이유이다.

이런 점에서 비영리법인 회계는 한마디로 '예산서에서 출발하여 예산과 대비하는 결산으로 끝난다'는 말이 나온다.

비영리법인 회계는 또한 기금회계를 사용한다.

회사도 자금을 목적에 따라 달리 관리할 수 있다. 그러나 회사는 이익이 생긴다면 거의 무제한 자금을 투입해 보다 큰 규모의 이익을 창출할 수 있다.

반면 비영리법인은 그렇지 않다. 비영리법인의 경우 당초 승인된 예산 범위를 뛰어 넘을 수 없다. 애초 정해진 예산이 없다면 아무리 좋은 사용처가 있다 하더라도 자금을 집행할 수 없다.

원본 보존 장학기금을 보자. 이자가 생기면 해당 이자를 장학금으로만 사용해야 한다. 이는 장학기금을 출연한 사람에 대한 도리이기도 하다. 이런 점에서 비영리법인의 목적별 재산을 기금(fund)이라 부른다. 법적으로나 행정규제에 맞게 자금을 구분하여 관리하고 사용하라는 의미이다.

연구기금, 건축기금(교육환경개선, 노후시설유지보수기금), 장학기금과 같은 것들이 그렇다.

대다수 기금은 돈이겠지만 어떤 기금은 주식 채권 부동산 등 다양한 재산으로 구성되기도 한다. 이처럼 기금의 목적별 자금 수지를 통제하고, 보고서도 기금 종류별로 작성하는 것을 ‘기금회계’라 부른다.

비영리법인 회계에서는 법인세와 주주 배당이 없다. 비영리법인 회계는 이익을 목적으로 하지 않는다. 이익이 없으므로 이익에 부과하는 법인세도 성립되지 않는다.

다만 비영리법인이 수익사업을 할 경우, 이에 대해서는 일반 회사와 형평에 맞춰 법인세가 부과된다. 이런 점에서 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 관리와 절세를 위한 구분 경리가 필요하다.

비영리법인에서는 또한 배당 개념이 없다. 따라서 비영리법인은 이익잉여금 처분계산서를 작성하지 않는다.