이사회가 이사로 구성된다면서 이사의 선임권이 이사회에 있다는 것은 좀 독특하다. 하지만 학교와 같은 재단법인의 경우 사단법인과 달리 총회가 없기 때문에 재단법인의 경우 이사가 이사를 선임하는 구조를 띠게 된다.

이사의 임기는 5년을 초과할 수 없다. 다만 중임은 가능하다. 하지만 이사의 취임은 반드시 관할청의 승인을 얻어야 한다. 취임 시 이사의 인적사항 공개는 필수 사항이다.

이사회의 구성에 있어서도 제한이 있다.

이사 정수의 과반수 이상을 반드시 우리나라 국민으로 구성하도록 하고 있으며, 이사 중 1/3이상은 교육경험이 3년 이상 있는 자로 구성토록 강제하고 있다.

2005년 12월 개정 사학법의 핵심은 외부 인사를 법인이사회에 참여시키는 개방형 이사제. 사립대학의 경우 대학평의원회가 추천한 인사로 이사진의 1/4 이상을 선임한다. 대학평의원회가 2배수의 개방형 이사 후보를 추천하면, 이사회가 이중 적당한 이사 후보를 선택하여 선임한다. 감사 2명 중 1명도 대학평의원회의 추천 인사로 임명하도록 규정하고 있다.

이사들의 겸직에 대해서도 제한이 있다. 이사장은 소속 대학 또는 다른 대학의 총장 또는 이사장을 겸임할 수 없다. 이사는 또 자신이 재직하고 있는 대학 총장을 제외하고는 감사(監事)는 물론 교직원이 될 수도 없다.

총장은 해당 사립대학의 이사가 될 수 있다. 정관으로 총장을 법인의 당연 이사로 정할 수도 있다. 물론 법인 이사를 겸하지 않는 총장도 가능하다. 이는 해당 사립대학의 역사나 문화에 따라 다르다.

사립대학 임원은 원칙적으로 명예직에 가깝다. 따라서 사립학교법 또는 정관에 규정된 상근 임원을 제외하고 보수를 지급하지 않는다. 회의를 한다거나 한시적으로 특별한 사안에 대해 봉사할 때 실비보상차원의 보수 지급만이 가능할 뿐이다.

이를테면, 감사(監事)가 해당 대학 업무를 감사(監査)함에 있어 상당한 시일이 소요될 경우 이에 상응한 비용을 수수료로 지급할 수 있다.

사립대학의 운영주체는 이사회이다. 어떤 이유에서 이사회가 결원된 이사를 보충하지 않아 회의 정족수를 채울 수 없을 경우, 또는 이사 상호간 분쟁 발생 등 정상적 이사회 운영이 어려울 때 관할청은 이해관계인의 청구나 직권으로 임시이사(臨時理事)를 선임한다. 임시이사는 조속한 시일 내 대학이 정상화되도록 노력해야 한다.

임원이 학사행정에 있어 총장의 권한을 침해한 경우에도 관할청은 해당 임원의 취임 승인을 취소할 수 있다.

이사회는 기본적으로 이사장이 소집한다. 중요 사안이나 현안이 있는데도 불구하고 이사장이 사적 이유로 회의를 소집하지 않을 경우, 재적 이사 과반수 이상이 모여

이사회 소집을 요구할 수 있다. 감사(監事)가 감사(監査)결과 보고를 위해서도 회의를 소집할 수 있다. 이 경우 이사장은 소집 요구일로부터 20일 이내 이사회를 열어야 한다. 이사회 소집시 적어도 회의 7일전 회의 목적을 명시, 각 이사에게 서면 통지해야 한다. 그러나 이사 전원이 모이고 또 그 전원이 이사회 개최를 요구한 때 7일전 서면통지 절차를 생략할 수 있다.

이사회의 의사는 정관에 특별한 규정이 없는 한 재적이사 과반수 출석으로 개의하고, 이사정수의 과반수 찬성으로 의결한다. 이 때 이사장 또는 이사가 학교법인과 이해관계가 상반하는 때에는 해당 이사장 또는 이사는 당해 사항에 관한 의결에 참여할 수 없다.

이사회를 하고 나면 회의록을 작성하고, 회의일로부터 10일 안에 당해 학교의 인터넷 홈페이지에 의사록을 게재하여 3개월간 이를 공개하는 것을 원칙으로 한다. 사립대학 분쟁의 한 가운데는 이사회 회의 내용에 대한 진실게임이 많아 사립학교법에는 회의에 대한 세세한 규정까지 열거하고 있다. 회의록은 일자, 안건, 출석 임원, 표결 수 등을 반드시 기재해야 한다. 이사회 개최 당일 회의록 작성이 어려운 경우 약식 회의조서라도 작성해야 한다. 회의록 또는 회의조서가 2매 이상인 경우 간(間)서명도 강제하고 있다.