'2단계 BK21'에 참여한 각 대학 사업단은 4월 16∼17일 학술진흥재단에 그간의 성과를 보고하는 '연차평가보고서'를 제출해야 한다. 학술진흥재단은 보고서와 추후 실사를 통해 사업단의 성과를 평가, 미비점이 발견되면 사업비 삭감 등의 조치를 취하게 된다.

평가회는 이해원 산학협력단장을 평가위원장으로 역대 단장과 기획처장 등의 위원이 참여해 부족한 부분을 보완하고 지원 대책을 마련하게 된다.

우수사업단에게는 인센티브 형식으로 1등 50만원, 2등과 3등 각각 30만원, 20만원의 상금도 주어진다.

사업에 참여한 다른 대학들도 준비에 여념이 없다. 경희대, 인하대, 아주대 등은 보고서 제출에 대비 사업단별로 평가를 실시하거나 완벽한 보고서 준비에 여념이 없는 것으로 알려졌다.