학점교류제를 시행하고 있는 대부분의 대학들은 인기 과목의 수강 신청에서 자기 학교 학생들에게 우선권을 부여하고 있으며, 학점교류제로 면학 분위기 저하 등 부작용을 토로하고 있다.
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반대로 다른 대학에서 연세대와 고려대로 온 학생수는 각각 351명과 164명을 기록했다. 서강대 44명, 중앙대 35명, 한양대 27명, 경희대 14명 정도로 대학들의 학점교류제도 이용은 저조한 수준이다.
학점교류제 이용 실적이 부진한 것은 대부분의 대학들이 학점교류와 관련해 대학간 제휴는 크게 부풀리는 반면 소극적으로 운영하고 있기 때문인 것으로 풀이된다.
고려대는 현재 서울대, 연세대, 이화여대, 카이스트 등 21개 대학과 제휴를 체결, 국내 대학 중 가장 많은 대학과 학점교류제도를 시행하고 있다.
그러나 고려대는 학점교류로 타대학생들을 받아들이고 있지만 이들로 인해 학업 분위기가 저하되는 등 부작용이 속출하고 있어 제도의 계속적인 시행 여부를 고민하고 있는 것으로 전해지고 있다.
연세대는 수익자 부담 원칙에 따른 교류 대학간 등록금 차액을 정산하는 '등록금 정산' 방안을 고려하고 있다. 현재 학점교류제를 이용하고 있는 학생들은 별도의 등록금 정산 절차 없이 본인이 희망하는 과목을 일정 절차에 따라 수강하고 있으나 이용 학생의 편중(유출입학생의 역조 현상)이 심각하다는 판단에서다.
교류 대학 중 하나인 울산대생 10명이 지난 학기 연세대로 왔으나 울산대로 간 연대생은 단 1명도 없다.
연세대는 현재 고려대, 서강대, 이화여대, 중앙대, 카이스트, 한남대, 울산대, 계명대, 전주대,한국산업대 등 10개대와 학점 교류제도를 시행하고 있다.
학점교류제가 본교 학생의 수업권을 침해한다는 지적도 있다.
서강대 관계자는 "우리 학교의 경우 수강인원 제한으로 현재 본교학생들도 수업을 듣기 힘든데 다른 학교 학생들에게 모든 과목의 수강을 허용한다는 것은 문제가 있다"고 말했다. 이어 "이런 이유로 학점 교류가 제한적으로 운영될 수 밖에 없다"고 이 관계자는 덧붙였다.
서강대는 연세대, 이화여대, 성균관대, 대구가톨릭대 등 4개 대학과 학점교류제를 운영하고 있다.