반대 이유는 이 법에 대학 자율성을 침해하는 조항이 많다는 판단 때문이다. ▲총·학장을 이사회 선임과 교육부장관 제청을 거쳐 대통령이 임명하고 ▲이사는 이사회에서 선임하되 교육부장관의 승인이 필요하다는 조항 등이 대표적인 침해 사항이다.
서울대는 또 국립대들에 대한 전체 예산지원 규모를 사실상 현재 수준으로 동결하고 대학 평가를 감안해 예산을 배분하는 조항도 현실성이 낮다는 주장이다.
전국국공립교수회연합회도 서울대교수협의회 주도로 오는 20일부터 반대서명 운동에 돌입하기로 해 서울대 등 전국 국·공립대가 모두 법인화에 반대하는 모양새가 되어 교육부와 갈등이 예상된다.