확정된 기본계획에 따르면 신입생 모집 첫 해 정원은 50명으로 일반전형에서 28명, 특별전형에서 22명을 선발한다.
지원자격은 일반·특별전형 공통으로 △국내·외 대학에서 학사학위를 취득하고 △의료법상 의료인으로서 결격사유가 없는 자 △당해 연도에 실시한 한의학교육입문검사(OMEET) 성적 소지자 △한자능력시험 2급 이상 등이다. OMEET는 의학교육입문심사(MEET)와 같은 수준으로 시행된다.
부산대는 "한문능력 평가는 수험생들의 부담을 덜어주기 위해 당분간 공인기관의 기존 한자능력시험으로 대체하고 입학 후 한문과정을 개설하거나 방학 중 계절수업을 통해 완전해독능력을 향상시킬 계획"이라고 밝혔다.
일반전형에 지원하려면 출신 대학의 학과계열·전공에 관계없이 전학년 평점평균 80점 이상과 영어능력 인정시험에서 일정수준 이상을 얻어야 한다. 또 선수과목(국어·영어·생물·화학 및 물리학·수학,통계학 및 전산학계열 등) 4개 계열 이상에서 24학점 이상을 취득해야 한다.
특별전형 중 '자기 추천형'은 의사·치과의사·한의사·수의사·약사·한약사 등의 면허소지자와 생명과학계 석사이상의 학위소지자로서 제1저자 또는 주저자로 SCI급 논문 1편 이상인 자가 응시할 수 있다.
자연계(비생명과학계)대학원 학업우수자는 제1저자 또는 주저자로 SCI급 논문 1편 이상, 전학년 평점평균 90점 이상 취득 등의 조건을 충족해야 한다.
선발 방법은 1단계 서류전형에서 2배수 모집 후 2단계 심층면접에서 최종합격자를 가린다.
부산대는 "국가적 차원에서 생명과학 R&D 중심의 전문대학원으로서 한의학 분야의 새로운 인력양성 패러다임을 구축할 것을 기대하는 만큼 한·양방 협진과 한의학의 과학화·산업화·세계화를 선도할 우수인력 양성에 중점을 두고 계획을 마련했다"고 밝혔다.