교수노조는 17일 성명서를 통해 “김 교수의 폭력행위는 어떠한 이유로도 정당화 될 수 없다”면서도, “그러나 이 사건은 우리 교육계와 법조계의 뿌리 깊은 모순의 결과이며 김 교수로 하여금 극단적인 선택을 하도록 몰아간 우리 사회의 모순 구조에 대한 반성이 있어야 한다”고 주장했다.
교수노조는 김 교수가 성균관대 수학과 재직시 대입시험 문제의 요류를 지적한 양심적 행동으로 인해 교수직을 박탈당하고 10년간 낭인처럼 떠도는 동안 동료 교수와 대학당국이 보여준 행동은 “비이성적이었고 부당한 대응”이었다며 학문적 양심에 따라 선택을 한 인간을 파국으로 몰아간 사회 시스템을 비판했다. 인사제도를 악용한 대학과 대학의 잘못을 방치한 교육부, 대학의 조치를 합리화시켜준 사법부 등을 겨냥한 비판인 셈.
교수노조는 “사법부가 그동안 억울하게 해직된 교수들의 인권을 보호하기는커녕 인권탄압을 방조해 왔다”며 “교수 재임용과 관련해 2005년 1월 헌법재판소가 헌법불합치 판결을 내릴 때까지 사법부는 재임용 행위에 대해서 사법적 심사대상이 아니라고 판결해 왔다”고 지적했다.
교수노조는 또 억울하게 해직된 교수들의 즉각적인 복직을 주장했다. 이들은 “교원소청심사위원회의 부당징계 취소 결정에도 불구하고 이를 거부하는 대학들의 불법행위 때문에 복직을 못하고 있는 교수들이 상당수 있다”며 이들에 대한 즉각적인 복직이 이뤄져야 한다고 주장했다.