등록금 카드 납부 문제는 학생/학부모들이 등록금 부담 완화의 일환으로 이미 몇 년 전부터 요구해왔으나 대학측이 카드 수수료 부담 등을 이유로 이를 거부해 온 사안. 상대적으로 재정이 양호한 일부 대학들이 2002년 카드 납부 방안 도입을 위해 카드사와 수수료를 1.5%대까지 낮추는 등 협의를 진행했지만 재정이 열악한 지방 사학들의 집단적 반발로 무산됐다. 대안으로 대부분의 대학들이 등록금 분납제를 도입, 시행하고 있다.
교육부는 여전히 등록금 카드 납부를 대학들에 권유하고 있으나 대학들은 카드수수료만큼 정부지원이 선행돼야 한다는 입장을 견지하고 있다.
정부는 등록금 카드 납부를 국세의 카드 납부 방안과 함께 현재 검토하고 있다.