회계는 조직의 언어(Language of Organization)이다. 조직이 어떤 내용을 전달할 것인가에 따라 그 언어와 표현방법은 달라진다. 이를 테면 사학회계를 영리기업의 경우와 동일하게 사용한다면 사학기관의 특수성을 제대로 표현하기 어렵게 된다.

기업회계의 재무제표는 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)및 현금흐름표 등 네 가지로 구성돼 있다.

이익잉여금처분계산서는 주주에 대한 배당, 임원에 대한 상여 등으로 처분하는 내용을 나타내는 표다. 하지만 사학기관은 이익잉여금을 처분할 수 없기 때문에 작성할 필요가 없다. 현금흐름표는 전반적인 재무상태의 변동을 나타낸다. 사학기관의 경우 예산제도를 이용함에 따라 자금계산서가 이를 대체한다.

특례규칙에 의한 사학기관의 기본 재무제표는 자금계산서, 대차대조표 및 운영계산서의 3가지이다.(특례규칙 제16조 참조) 사용하는 용어를 보면 특정시점에서의 대차대조표는 그대로 준용해 사용하되 손익계산서에 해당하는 것은 운영계산서란 이름으로, 자금관계를 나타내는 표는 자금계산서로 달리 사용하고 있다.

사학기관의 3가지 재무제표 중에서 가장 기본적이고 중요한 것은 자금계산서이다. 자금계산서는 회계년도 내의 모든 자금수입과 지출의 내용을 예산과 비교하는 형식으로 작성한다. 즉 자금계산서는 예산서에 대비한 결산서로 자금의 수입과 지출을 총체적으로 정리한 표이다.

운영계산서는 일반기업의 손익계산서와 비슷한 개념으로 주로 운영수익(경상수익)과 운영비용(경상비용)의 차액을 나타낸다.

대차대조표는 직역하면 대변과 차변이 일치하는지를 대조하는 표로 특별히 시산표로 불리기도 한다. 대차대조표는 특정 시점의 재산이나 부채 등의 재무상태, 또는 재산 상태를 표시한다. 그래서 정확한 용어는 재무상태표로 하는 것이 바람직하지만 워낙 널리 알려진 용어라 수정 없이 사용중이다.

사학기관의 재무제표는 이를 이용하는 상대방, 예를 들면 교육부, 법인의 이사회, 대학의 교직원 및 여타 외부기관 등에게 충분한 회계정보를 제공할 수 있도록 주기(Annotation)와 주석(Notes)을 하도록 되어 있다. 주기란 재무제표상의 해당 과목 다음에 그 회계사실의 내용을 적당한 자구 또는 숫자로 괄호 안에 표시하는 방법이다. 주석은 재무제표상의 해당 과목 또는 금액에 기호를 붙이고 난외 또는 별지에 동일한 기호를 표시하여 그 내용을 간단명료하게 기술하는 방법이다. 예를 들면, 계류 중인 소송에 관한 내용과 전망, 중대한 사고 등을 설명한다면 그것은 주석이라 할 수 있다.

사학기관의 계정과목은 관(款) 항(項) 목(目)의 3단계로 체계화되어 있다. 각각의 관․항․목은 고유번호가 부여되어 있어 전산처리나 각종 통계 집계시 편리하게 이용할 수 있도록 되어 있다. 내부관리 목적상 목보다도 더 세분하여 관리할 수 있다. 코드번호는 4자리로 구성되어 있고 일련번호 순으로 나열되어 있으나, 관·항·목 내에서의 ｢기타×××｣ 유형에 대한 과목 번호는 ｢×××9｣와 같이 끝자리를 9로 함으로써 전산처리와 정렬하기 쉽도록 되어 있다.

목(目)의 신설은 어디까지나 본 특례규칙의 관·항·목 체계를 벗어나지 말아야 하는 것이므로 이미 예시된 목을 가능한 한 사용하도록 함으로써 계정과목 신설에 신중을 기해야 할 것이다. 특히 대학 간 재무제표의 비교를 가능하게 하기 위해서도 계정과목의 신설은 신중해야 한다.