갈등은 교수회와 노조측이 지난해 12월 7일 직선제 총장으로 3명의 입후보자 가운데 남기창 교수를 선출해 재단 이사회에 추천하면서 시작됐다.
이어 대학측이 총장 임기 만료를 3일 앞둔 지난해 12월 23일 이사회를 열어 김윤배 전 총장을 제7대 총장으로 재선출하자, 교수회는 대학측과 마찰을 일으켜 오다 지난 2월 21일 총장실을 점거하고 농성에 들어가 100일째(5월31일)를 맞고있다.
교수회는 이사회측이 구성한 총장후보 추천위원회는 학교 구성원들의 동의를 얻지 않아 대표성이 없다고 지적, 김 총장의 총장직 사퇴 및 비민주적, 반도덕적 총장을 재선출한 재단 이사장과 당연직 이사들의 퇴진도 요구하고 있다.
그동안 교수회는 단식농성, 거리행진과 촛불집회 등에 이어 지난 22일에는 2005년 대학 총학생회 선거와 관련, '학교측이 어용 총학생회를 만들기 위해 조직적으로 개입한 것이 사실인가?'라는 성명을 발표해 의혹을 제기하기도 했다.
대학측과 교수회는 그동안 사태의 해결을 위한 대토론회를 제안하기도 했으나 패널 참석자를 놓고 교수회와 동문회 등의 입장이 달라 토론회 자체가 열리지 못했다.
이렇게 교수회의 총장실 점거가 계속되면서 김 총장은 부총장실에서, 부총장은 3층 임시사무실에서 각각 업무를 보고 있어 대학 행정업무의 어려움은 물론 대학 이미지 실추에 대한 우려의 목소리가 나오고 있다.
임승빈 교수회장은 "투쟁은 계속할 것"이라면서도 "6월 1일 교수회의 입장표명 및 성명서 발표를 통해 투쟁 방향을 재설정하겠다"고 말해 총장실 점거농성을 해제할 지 여부가 주목된다.