기획예산처는 지난 6월26일 87개 정부 산하기관을 대상으로 한 경영평가 결과를 공개하고, 세부 항목에 대한 평가결과를 지난주말 각 산하기관에 전달했다.

사학진흥재단은 연기금 유형 16개 기관 중 15위의 저조한 성적을 받았다.

이에 대해 사학진흥재단은 "세부 평가 항목 내용을 검토한 결과 재단에 미진한 부분이 많아서라기보다는 평가 기준 자체가 잘못됐기 때문이라는 결론을 얻었다"며 기획예산처로부터 받은 저조한 성적에 대해 뒤늦게 해명했다.

재단 관계자는 "기획예산처 평가가 기관의 설립목적과 규모 등을 적절히 반영하지 못하고, 경영평가단의 평가내용도 일관성을 상실하고 있다"고 주장했다. 전자결재 시스템 도입을 일례로 '경영관리부분 ‘경영정보관리의 합리화’라는 지표에서 '규모가 작은 관계로 전자결재시스템 도입이 필요치 않다'고 평가했으나 종합경영부분평가에서는 '전자결재시스템 미도입으로 낮은 점수를 부과했다'는 모순된 기획예산처의 세부평가내역을 이 관계자는 지적했다.

낮은 경영평가점수와 달리 실제 사학진흥재단은 기금운용평가와 고객만족도에서는 좋은 성적을 거뒀다.

사학진흥재단은 재단의 목적사업인 기금운용평가에서 2004년과 2005년 2년 연속 1위를 기록했고, 융자지원사업 대상이자 고객들인 사학으로부터도 높은 평가를 받아 2004년과 2005년 고객만족도 1위에 올랐다.

사학진흥재단은 1989년부터 2005년까지 총 1조 5,994억원을 사립학교 교육환경개선자금으로 융자 지원했다.